Manfred Bauer wuchs in der DDR auf. Nach seinem Abitur 1959 wollte er Physik studieren und bewarb sich an der Karl-Marx-Universität in Leipzig. Im Zuge der Wiederbewaffnung beider deutschen Staaten sollte sich auch Bauer freiwillig zum Militärdienst bei der Nationalen Volksarmee melden. Aus Glaubensgründen weigerte er sich und bekam die Konsequenzen schnell zu spüren.