Auch nach der Abrüstung der Pershing-II-Mittelstreckenraketen in Mutlangen und des Baustopps der Wiederaufarbeitungsanlage Wackersdorf setzte Jochen Stay seinen Kampf gegen Atomkraft fort. Er begann, sich gegen Atomtransporte zu engagieren. Als der erste Castortransport nach Gorleben fahren sollte, zog er ins Wendland.